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STR有何優(yōu)勢?中山盛澤親子鑒定中心分享
STR即短串聯(lián)進行重復(fù)時間序列(shorttandemrepeat),也稱微衛(wèi)星DNA(microsatelliteDNA),是以2~6個堿基可以作為核心工作單位,重復(fù)使用串聯(lián)起來形成的一類DNA序列。整個社會人類通過基因組中平均每15kb就存在這樣一個STR,目前已發(fā)現(xiàn)超過7000個。由于STR核心技術(shù)單位需要重復(fù)數(shù)目在個體間呈現(xiàn)一種高度發(fā)展差異性且數(shù)量不斷豐富,構(gòu)成了其遺傳基因多態(tài)性。
STR有何優(yōu)勢?
STR位點除了具有高度的多態(tài)性外,還具有突變率低、分辨能力強、檢測標準化容易等優(yōu)點,目前國際上常用的犯罪DNA數(shù)據(jù)庫大多以STR位點為基礎(chǔ)。
STR檢測
目前,熒光標記PCR-CE技術(shù)廣泛應(yīng)用于法醫(yī)實踐,也是STR分型技術(shù)的金標準。PCR-CE技術(shù)分辨率極高,即使核心序列相差一個重復(fù),也能成功分型。檢測結(jié)果分型譜直觀,易于分析。
然而,PCR-CE分析存在一些不可避免的問題:
1.PCR-CE技術(shù)只能分析基因序列長度的多態(tài)性,不能區(qū)分序列中堿基的差異
2.對于混合檢材分析,不同數(shù)據(jù)來源檢材含量的比例情況相差較大懸殊時,PCR-CE往往通過檢測不到混合物中量少的檢材;
3.在對Atlas的分析中,我們經(jīng)常遇到一些影響分類甚至導(dǎo)致錯誤分類的情況,例如,錯誤命名的等位基因標記,錯誤識別的內(nèi)部標記,基線的跳躍和擺動,結(jié)巴峰,階梯下峰等。
NGS技術(shù)的誕生解決了PCR-CE在STR檢測中的上述問題:
1.NGS在STR分析中更為精確,它能夠準確地檢測到DNA序列,并能夠顯示STR等位基因的核心序列和側(cè)翼序列之間的真正差異。通過NGS測序,PCR-CE分析發(fā)現(xiàn)同一基因型的STR位點實際上是不同的基因型。這也表明,如果達到相同的分辨率,NGS需要更少的基因座;
2.對于混合檢測中的痕量樣品,NGS憑借其高通量的特點,通過對大量數(shù)據(jù)的處理和分析,可以靈敏地檢測出痕量樣品的DNA序列;
3.基于自己一份微量檢材的一次進行實驗,NGS在獲得STR的同時,還可以通過獲得SNP、Indel、mRNA等各種不同類型的大量使用遺傳標記數(shù)據(jù)信息,而這是我國現(xiàn)有一代測序技術(shù)平臺所無法真正做到的。從微量的生物檢材中挖掘出案件所需要的全部遺傳學(xué)相關(guān)信息,這對于我們實戰(zhàn)來說就是具有無可比擬的吸引力。